금성관은 나주군청의 대회의실로 사용되었고 바로 앞쪽에 콘크리트 2층 규모의 군청사가 가로막고 있었다. 나주시는 2000년대에 들어와서 21세기 ‘역사문화도시’로의 재도약을 목표로 정했다. 이를 위해 전통문화유산의 보전과 복원을 통한 읍성권 발전의 계기를 마련하고 나주의 정체성을 찾아 나주를 나주답게 만드는 사업을 추진하게 되었다. 물론 이 시기에 읍성의 4대문 복원 사업도 함께 추진되었다. 

 

전남대 호남문화연구소에『나주목관아 복원 정비 기본계획』용역을 의뢰하여(2000. 11∼2001. 5) 전체적인 밑그림을 그렸다. 이와 같은 용역은 문화재청 문화재 정비계획에 의한 것은 아니고 나주시가 자체적으로 수립한 일이었다. 

 

나주목관아 복원에 있어서 사업 기간과 예산의 문제, 도심의 공동화 등의 전반적인 사항을 고려하였다. 먼저 추진하는 공간은 시유지가 대부분인 나주객사(금성관) 공간을 먼저 정비한 후에 나주목관아 동헌(제금헌) 쪽 즉 금계매일시장은 나중에 한다는 결정을 한 후에 사업을 추진하였다. 이러한 정책 결정 후에 기본계획을 바탕으로 추진한 첫 번째 사업은 금성관의 외삼문인 망화루 복원 사업이었다. 

 

망화루터에 대한 발굴조사는 2001. 8.1∼8.25까지 호남문화재연구원에서 실시하여 적심시설을 확인하였다. 당시 나주군청의 정문에 해당 된 이곳은 지하에 소방수를 저장하는 콘크리트 탱크가 설치되어 있어 많은 부분의 유구가 훼손된 상태였다. 이후 삼진건축사 사무소에서 실시설계를 하였다.(2001.7.21∼9.30) 복원 총사업비는 398백만원으로 2층 루문(73.80㎡ 23평) 목조 팔작지붕 구조였다. 2001. 11. 27자로 문화재청의 승인을 받아 2002. 1. 25일 공사를 착공하여 5월 27일 상량식을 거행하고 준공은 7월에 하였다. 망화루는 사진자료가 남아있어 복원공사를 하는데 많은 도움이 되었다.  

 

한편 시청사의 송월동 이전과 세무서를 비롯한 공공기관이 대거 이전하였다. 이러한 공공기관의 이전은 도심의 공동화 현상을 초래하였다. 연청터로 알려진 나주등기소도 이전하여 2000. 12월 부지 1,884㎡를 1,348백만원에 매입하였다. 2002년 6월에는 금성관 뒤쪽과 남쪽(군청수위실 옆) 부지를 1.420백만원으로 매입하였다. 이후에 금성관 번와 공사와 함께 2002년 나주군청 과장 관사건물 철거와 함께 조경수를 전체적으로 이식하는 작업을 완료한 후에 금성관 동·서익헌터에 대한 발굴조사를 실시하였다. 

 

조사 결과 서익헌은 규모가 작고 동익헌은 규모가 큰 건물로 확인되어 2004년∼2005년에 서익헌을 694백만원으로 먼저 복원하였다. 2003년∼2004년 월대·정청·기단부에 대한 발굴조사를 실시하고 2005년 3월에는 옛나주군청사를 150백만원으로 철거하였다. 이때 군청사 캐노피 건물을 마지막으로 철거하는 행사를 하면서 “역사문화도시 선포식”을 거행하기도 하였다. 

 

2006년 9월에는 350백만원을 투입하여 금성관 북·서·남쪽의 전통담장 공사와 발굴조사로 확인된 월대를 기존의 유구를 놔둔 상태에서 훼손된 부분만 새롭게 복원하였다. 객사공간이 행사를 하는 곳이기에 발굴조사 과정에서 차일 끈을 묶는 구멍이 뚫린 고정석이 하나는 제자리에서 하나는 이동된 상태에서 발견되어 균형을 맞추어 다시 설치하였다. 

 

2005∼2006년 금성관 앞쪽에 대한 대대적인 발굴조사를 200백만원을 투입하여 실시한 결과 내삼문터와 중삼문터를 비롯하여 우물·건물터가 확인되었다. 이를 토대로 내삼문을 복원하고 이어서 동익헌 실시설계(50백만원)를 거쳐서 2007년 12월 금성관 동익헌을 복원하여 객사의 중요 건물 복원을 완료하였다. 이와 같이 사업은 추진되고 있었으나 나주목관아 복원정비 사업이 탄력을 받은 분기점은 2007년 7월 31일자로 나주목관아와 향교가 사적 483호로 지정되면서부터이다.