이런 상황 속에서 나주시는 꾸준히 나주목관아와 나주향교, 나주읍성에 대한 대대적인 정비와 종합계획을 수립하고, 복원 사업을 진행한 결과를 바탕으로 “나주목관아와 향교”를 국가 사적으로 지정 받았다. 이와 더불어 2009년 나주목관아와 향교 종합보존정비 계획을 자체 수립하고 사업을 추진하였다. 2008년부터 나주목관아 정비에 대한 국비가 확보되면서 일차적으로 토지매입에 전력을 다하였다. 당시 지정구역 내의 매입대상지는 3개 지역으로 나누어 검토하였는데 첫 번째가 금계매일 시장을 목사고을 5일 시장으로 이전하는 문제와 관련된 구역부터 시작되었다. 

 

2008년 이후 국비 확보에 전력을 다하여 나주목관아 향교 사적구역 190필지 62,441㎡를 매입한 결과 전체 면적의 85%에 해당하는 133필지 51,499㎡를 완료하였다. 토지매입이 어느 정도 완료되자 금성관 서쪽에 대한 발굴조사를 실시하였다. 이어서 금성관 미 발굴지역인 동쪽지역에 대한 발굴조사와 복원사업에 2,000백만원를 투입하였다.

 

발굴조사(169백만원)를 실시하자 예상하지 못한 400여평에 이르는 연못터가 발견되었다. 학술고증 등의 절차를 거쳐서 연못터에 대한 복원정비를 실시하였으나 연못 내부에서 확인된 건물지에 정자를 설치하고자 했으나 건물의 형태 등을 고증할 수 없어 다음 기회로 미룰 수밖에 없었다.

 

금성관 뒤편 북쪽 방향에 있었던 향청에 대한 복원 사업은 토지매입이 끝난 후에 옛 농지개량조합 건물만 남아있던 것을 철거하고 2017년 발굴조사를 실시하였다. 조사결과를 바탕으로 복원을 위한 나주목 향청 복원기본계획 용역(45백만원)을 디딤건축사사무소에서 수행하였다. 

 

실시설계(71백만원)는 은하건축사사무소에서 했으며 문화재청의 승인을 받아 공사를 시작하여 2023년 7월 준공하였다. 제금헌터(동헌)에 대한 발굴조사는 2019. 5∼8월에 1차 조사를 마치고 2021. 6.∼10월에 제2차 발굴조사를 실시하였다. 

 

한편 나주목 객사 금성관에 대한 보물지정 신청은 지정되기까지 4차례의 신청이 있었다. 2013년 4월 지정신청하고 6월7일 현장조사를 거쳤으나 최종 위원회에서 보류되었던 것을 2018년 다시 신청하여 2019년 10월 25일자로 보물 제2037호로 지정되었다. 보물로 지정됨에 따라 전라남도 유형문화재 제2호에서 해제(1972. 1. 29 지정)되었다. 실로 반세기만에 이룬 성과였다.

 

그 동안 나주목관아 구역에 대한 발굴조사는 2001년 망화루터에 대한 조사를 시작으로 객사 구역을 먼저 시작하였다. 객사 금성관 동·서익헌터에 대한 조사에 이어서 4차 조사에서는 객사 동측구역을 조사한 결과 400여평에 이르는 연못지를 발견하기도 하였다. 이후 향청터 발굴조사에 이어서 나주목관아 동헌터에 조사를 실시하였으나 명쾌하게 건물지가 확인되지 않고 있다.

 

나주목관아 복원사업은 전통적인 읍성권이 변화를 거치면서 이루워졌다. 1981년 나주군이 금성시(1986년 나주시)로 분리되고 1995년 다시 합쳐졌다. 나주읍성 안에 있던 행정기관들이 대거 신규택지 개발을 통해서 성 밖으로 이전하면서 도심의 공동화 현상은 빠르게 진행되었다. 이러한 과정 속에서 복원 가능한 건물부터 시작하여 현재까지도 지속적으로 추진되고 있다. 

 

가장 잘 남아있고 국유지가 확보된 객사공간부터 시작되어 범위를 동헌·향청지역으로 확대하여 추진한 것이다. 이러한 사업은 원도심의 공동화 현상과 쇠퇴 되어가는 흐름을 역사문화유산을 통해서 쇠퇴를 연착륙시키고 변화하는 시대에 적응하고 대응하는 방법의 일환으로 추진된 것이다.